Qualche anno prima della sua morte, Filippo II cedette i Paesi Bassi a sua figlia Isabella, che egli stava per fidanzare, il 6 maggio 1598, con suo nipote l'Arciduca Alberto d'Austria . Le province del sud, rimaste cattoliche, riconobbero il governo di Alberto ed Isabella. Le province del nord invece, costituitesi dal 1579 in "Province Unite", rifiutarono la sottomissione e continuarono la guerra. L'inaugurazione per l'avvento dei nuovi Sovrani ebbe luogo a Bruxelles il 26 agosto 1598 in presenza dei delegati delle differenti province. Il 21 agosto 1599 essi fecero la loro entrata solenne a Lussemburgo ed il 5 settembre a Bruxelles. Quando, nel 1600 Alberto convoco' gli Stati Generali a Bruxelles, i Lussemburghesi rifiutarono di prendere parte alle delibere comuni, a causa della situazione particolare del Ducato, perche', secondo loro, esso formava ed aveva sempre formato un territorio distinto. Essi si dichiararono d'accordo di fornire un aiuto di 300.000 fiorini, a condizione che gli si promettesse sotto giuramento che tutti i privilegi del Ducato sarebbero stati rispettati. L'Arciduca accetto' i desiderata dei lussemburghesi e rispetto' i patti anche in seguito. Il regno di Alberto ed Isabella fu turbato dalla guerra contro gli Olandesi ed il Ducato fu sottoposto a notevoli sofferenze per le loro ripetute incursioni. La tregua di 12 anni (1609-1621) ebbe purtroppo durata provvisoria.
Alberto d'Austria mori' il 13 luglio 1621, mentre Isabella continuo' ad amministrare i Paesi Bassi ed il Lussemburgo, in qualita' di Governante Generale, nel nome del Re di Spagna Filippo IV.

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